区间线路出留仙洞站后，沿同发路前行，下穿深圳市职业技术学院运动场后转入沙河西路，沿沙河西路下穿西丽水库-铁岗水库引水隧道，并旁穿西丽水库饮用水水源保护区，然后进入白芒站。该区间可以分为两大类地层，一类以硬塑性粘性土、全风化花岗岩为主，适宜采用土压平衡模式掘进;另一类以微风化/中风化花岗岩为主，适宜采用敞开模式掘进。
区间自大运站出发后，沿龙岗大道下方敷设，下穿宝荷深惠立交桥、地铁三号线高架桥、爱联小区B区及新屯工业园，然后往东北向拐入如意路下方敷设，下穿龙岗河、惠盐高速公路、排背围村房屋进入山体，出山体后下穿澳美世家家具厂、福昌电子科技股份有限公司，最后沿宝荷路敷设，下穿厦深铁路到达宝荷站。
区间自小菜园站出站后沿米轨铁路通道敷设,侧穿小菜园立交桥后继续沿着米轨铺设穿越盘龙江,在YDK9+ 400~ YDK9+ 570段，区间隧道线性由并行过渡到重叠段,左右线垂向.上相距1.8m,在YDK9+ 834~ YDK9 + 883段穿越北京路最后抵达火车北站隧道。主要地层为圆砾、砾砂、粉砂、粘土层。
区间线路出鹤洞东站后，沿芳村大道由北往南前行，以350m左偏曲线，下穿广州造船厂，横穿珠江后，下穿南石二街居民住房后进入南石路站，出南石路站后，下穿广纸幼儿园、宿舍楼,往东下穿工业大道和广佛线进入燕岗站。主要穿越地层为中风化泥质粉砂岩、微风化中粗砂岩、含砾砂岩。
区间线路主要沿中山大道铺设,侧穿厂房、住宅楼、加油站、军事区、广州运营事业总部,下穿显子宝桥、A219高桥、BRT莲溪站、BRT茅岗站及其人行天桥等建(构)筑物。区间主要穿越地层为强~弱风化砂岩、含砾砂岩，强~弱风化泥质粉砂岩。
该区间位于锦城大道下方，该段区间交通繁忙，线路从孵化园站出发后沿锦城大道向西- -直前行，下穿经过益州大道路口、成双南路路口后于成都市高新公证处前方到达元华站。主要地层为中密卵石土，强风化泥岩，局部有中等风化泥岩。
